Η προϊστορική περίοδος στην Κίνα διαιρείται σε δύο μεγάλα στάδια: την Παλαιολιθική εποχή (μέχρι το 8.000 πΧ) και τη νεολιθική εποχή (8000 - 2000 πΧ). Στην Παλαιολιθική εποχή, φαίνεται ότι χρησιμοποιούνταν λίθινα αντικείμενα για τη διάνοιξη αποστημάτων, την παροχέτευση του πύου και αίματος για θεραπευτικούς σκοπούς. Τα λίθινα αυτά αντικείμενα ονομάζονταν "bian". Με την πάροδο των αιώνων, η ικανότητα του αρχανθρώπου να κατεργάζεται την πέτρα, οδήγησε στην βελτίωση των "bian". Έτσι στη Νεολιθική εποχή, οι πρωτόγονες λίθινες βελόνες αποκτούν σχήμα σφαιρικό ή οβάλ κατά το ένα άκρο τους, για να μπορούν να κρατιούνται, ενώ το άλλο άκρο τους κατέληγε σε πυραμοειδώς οξύαιχμη ακμή, για να μπορεί να τρυπάει το σώμα. Σε αρχαιολογικές έρευνες στην περιοχή Duolun της Μογγολίας, ανακαλύφθηκαν τα ερείπια οικισμού που ανήκει χρονολογικά στη Νεολιθική εποχή. Ανάμεσα στα ευρήματα που ανασκάφηκαν, περιλαμβάνεται και μία βελόνα "bian" μήκους 4,5 cun (περίπου 10 εκατοστά). Άλλες δύο λίθινες βελόνες 8,3 και 9,1 εκατοστών, ανακαλύφθηκαν σε τάφους της Νεολιθικής εποχής, στην περιοχή Rizhao της επαρχίας Shandong. Τα ευρήματα αυτά, καταμαρτυρούν την εφαρμογή του Βελονισμού ως θεραπευτική μέθοδο, από τα προϊστορικά χρόνια.
Από το 2000 π.Χ. μέχρι το 476 π.Χ., η κοινωνική δομή της Κίνας μεταβάλλεται και εμφανίζονται πλέον οι Αυτοκρατορικές Δυναστείες που διοικούν τον τόπο (Δυναστείες των Xia, Shang και Δυτικών Zhou). Οι άνθρωποι μαθαίνουν την επεξεργασία του μετάλλου και οι πρώτες μεταλλικές βελόνες (από σίδηρο, χρυσό, ασήμι και χαλκό) κάνουν την εμφάνισή τους. Οι λίθινες όμως βελόνες "bian" εξακολουθούν να χρησιμοποιούνται για θεραπευτικούς σκοπούς. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, αναπτύσσεται το φιλοσοφικό υπόστρωμα της Παραδοσιακής Κινέζικης Ιατρικής και περιγράφονται πλέον οι δύο βασικές θεωρίες της: η θεωρία Γιν-Γιανγκ και η θεωρία των Πέντε Στοιχείων. Οι ιατροί κατανοούν και εφαρμόζουν στην καθημερινή άσκησή τους τις θεωρίες των σφυγμών, των Ζωτικών Ουσιών (Τσι, Αίμα, Ιδιοσυστασία, Σωματικά Υγρά), των πέντε ήχων, των πέντε χρωμάτων, των πέντε γεύσεων, των εξωγενών και των ενδογενών παθολογικών παραγόντων.
Από το 476 π.Χ. μέχρι το 24 μ.Χ. (Δυναστείες των Qin και των Δυτικών Han), καθιερώνεται το φεουδαρχικό σύστημα διοίκησης. Οι μεταλλικές βελόνες αντικαθιστούν οριστικά τις λίθινες. Έτσι κάνουν την εμφάνισή τους οι Εννιά Κλασσικές Βελόνες, που χρησιμοποιούνται μερικώς μέχρι σήμερα. Οι γιατροί της περιόδου αυτής χρησιμοποιούσαν στη θεραπευτική τους και άλλες τεχνικές εκτός από τη Βελονοθεραπεία, όπως τη Μοξοθεραπεία, το μασάζ, τα αφεψήματα βοτάνων και την εφαρμογή θερμών επιθεμάτων. Η Ιατρική σαν επιστήμη αρχίζει να συστηματικοποιείται και εμφανίζονται τα πρώτα συγγράμματα Παραδοσιακής Κινέζικης Ιατρικής. Μεταξύ αυτών, εξέχουσα θέση καταλαμβάνει το Νέι Κινγκ Σο Ουέν. Το κείμενο έχει τη μορφή φιλοσοφικού διαλόγου μεταξύ του Κίτρινου Αυτοκράτορα και του υπουργού του Chi Pai.
Μέσα από τον διάλογο, τίθεται το φιλοσοφικό υπόστρωμα της Παραδοσιακής Κινέζικης Ιατρικής. Περιγράφονται οι θεωρίες του Γιν-Γιανγκ και των Πέντε Στοιχείων, οι Μεσημβρινοί, η Ζωτική Ενέργεια (Τσι), το Αίμα και τα Σωματικά Υγρά, τα πέντε συναισθήματα και οι εξι εξωγενείς βλαπτικοί παράγοντες και θεωρούνται ουσιώδεις γνώσεις της Παραδοσιακής Κινέζικης Ιατρικής, ενώ ο Βελονισμός και η Μοξοθεραπεία αποτελούν τις κύριες θεραπευτικές μεθόδους. Επίσης περιγράφεται η φυσιολογία και η παθολογία του ανθρώπινου σώματος, οι βασικές διαγνωστικές τεχνικές και οι μέθοδοι πρόληψης και θεραπείας των ασθενειών.
Από το 25 μ.Χ. έως το 265 μ.Χ. (Δυναστεία των Ανατολικών Han και περίοδος των τριών Βασιλείων), η Παραδοσιακή Κινέζικη Ιατρική και η Φαρμακολογία συστηματικοποιούνται ακόμη περισσότερο. Διάσημοι γιατροί όπως ο Hua Tuo και Zhang Zhongjing, συνδυάζουν το Βελονισμό και τη Μοξοθεραπεία με τη Βοτανοθεραπεία. Μεταξύ του 256 και του 260 μΧ, περιγράφονται για πρώτη φορά τα σημεία Βελονισμού από τον γιατρό Huanfu Mi στο βιβλίο του "Κλασσικά του Βελονισμού και της Μοξοθεραπείας". Το βιβλίο αποτελείται από 12 τόμους, χωρίζεται σε 128 κεφάλαια και περιλαμβάνει 349 σημεία βελονισμού.
Μεταξύ του 265 και του 581 μΧ (Δυναστεία των Jin και των Βόρειων και Νότιων Δυναστών), στην Κίνα επικρατεί πολιτικό χάος και συνεχείς πολεμικές συγκρούσεις. Η Βελονισμός και η Μοξοθεραπεία εφαρμόζονται ευρύτατα. Ο γιατρός Ge Hong συγγράφει το πρώτο βιβλίο Επείγουσας Ιατρικής, περιλαμβάνοντας τις παραπάνω θεραπευτικές τεχνικές. Στην περίοδο αυτή κάνουν την εμφάνισή τους οι πρώτοι Άτλαντες των Μεσημβρινών και των σημείων Βελονισμού. Στην περίοδο των Δυναστειών Sui και Tang (581 - 907 μ.Χ.), παρατηρείται σημαντική άνθιση του Βελονισμού. Αναθεωρούνται τα συγγράμματα Βελονισμού και οι Άτλαντες, συγγράφονται νέα βιβλία και κατασκευάζονται οι πρώτοι άτλαντες τριών όψεων (πρόσθια - οπίσθια - πλάγια), που διατηρούνται ως σήμερα. Εμφανίζονται μονογραφίες για τη θεραπεία συγκεκριμένων παθήσεων με Βελονισμό και Μόξα. Τον 7ο αιώνα ο Βελονισμός αποτελεί ιδιαίτερο κλάδο της Ιατρικής και δημιουργείται η πρώτη Σχολή Βελονισμού, υπό την εποπτεία της Αυτοκρατορικής Ιατρικής Ακαδημίας.
Από το 907 μέχρι το 1368 μΧ (περίοδος των Πέντε Δυναστειών και των Δυναστειών Liao, Song, Jin και Yuan), η βελτίωση των τυπογραφικών τεχνικών, συνέβαλε στην πρόοδο της Ιατρικής βιβλιογραφίας και κατ' επέκταση στη διάδοση της Κινέζικης Παραδοσιακής Ιατρικής. Νέα συγγράμματα εμφανίζονται, ενώ κατασκευάζεται το πρώτο εκμαγείο ανθρωπίνου σώματος, που φέρει στην επιφάνειά του τους Μεσημβρινούς και τα σημεία Βελονισμού και χρησιμοποιείται ως εποπτικό εκπαιδευτικό βοήθημα. Εμφανίζεται το φαινόμενο της εξειδίκευσης στη διερεύνηση και τη θεραπεία των ασθενειών και οι έριδες συγκλονίζουν τον Ιατρικό κόσμο της εποχής εκείνης. Ανάμεσα στο 1200 και 1300 μ.Χ., βίαιες συγκρούσεις ξεσπούν μεταξύ των επιστημόνων και άρχιζουν να εμφανίζονται φανατικά δόγματα.
Κατά τη διάρκεια της Δυναστείας των Ming (1368-1644 μΧ), η ιατροί, εμβαθύνουν και διευρύνουν τις γνώσεις τους επάνω στη φύση των ασθενειών και τις βελτιώνουν τις θεραπευτικές τεχνικές τους. Αναπτύσσονται νέες απόψεις για το χειρισμό των βελονών, χρησιμοποιείται ο θερμοκαυτηριασμός με τα "πούρα" της μόξας, καταγράφονται για πρώτη φορά σημεία βελονισμού έξω από τα όρια των Μεσημβρινών και συγγράφεται το εξοχότερο δείγμα της Κινέζικης Φαρμακολογίας από τον Li Che Tchen με τίτλο "Γενικός Πανδέκτης της Ιατροφαρμακευτικής Ύλης της Κίνας". Στους πενήντα τόμους του έργου, περιγράφονται με καταπληκτική λεπτομέρεια όλα τα βότανα, πληροφορίες για τους τόπους που αυτά φύονται, οι τεχνικές για την παρασκευή των φαρμάκων, οι ενδείξεις και οι αντενδείξεις τους, η δοσολογία τους για την κάθε ασθένεια, ενώ περιλαμβάνονται περίπου 12.000 συνταγές για θεραπείες. Στην περίοδο αυτή εμφανίζονται και οι πρώτες επαφές με τους Ευρωπαίους, με την άφιξη των Πορτογάλων στο Μακάο. Ο Κινέζοι επισκέπτονται την Ινδία, την Περσία και τις Αραβικές χώρες. Οι χριστιανοί ιεραπόστολοι διαδίδουν την Ευρωπαϊκή Ιατρική στην Κίνα, ενώ συγχρόνως αφομοιώνουν στοιχεία της Παραδοσιακής Κινέζικης Ιατρικής. Για πρώτη φορά στοιχεία του Βελονισμού κάνουν την εμφάνισή τους στην Ευρώπη.
Από την περίοδο της Δυναστείας των Qing (1644) μέχρι τον πόλεμο του Όπιου (1840), ο Βελονισμός και η Μοξοθεραπεία υποσκελίζονται από την Βοτανοθεραπεία και την Κινέζικη Φαρμακολογία. Νέες τάσεις και διαφορετικές θεραπευτικές προσεγγίσεις στη διάγνωση και θεραπεία των ασθενειών εμφανίζονται. Μια σημαντική ένδειξη των τάσεων της Ιατρικής στην περίοδο αυτή, αποτελεί η αυξανόμενη επιθυμία για διεύρυνση της γνώσης της ανθρώπινης ανατομίας. Μέχρι τότε, για την ανατομική έρευνα χρησιμοποιούνταν μόνο ζώα, ενώ ήταν αδιανόητο να πραγματοποιηθεί ανατομία στα πτώματα. Επιτρεπόταν μόνο στους γιατρούς, να παρακολουθούν τα βασανιστήρια που επιβάλλονταν σε κρατούμενους, ώστε να αποκτήσουν τις πληροφορίες που ήθελαν για το ανθρώπινο σώμα. Με τις επίπονες προσπάθειες του γιατρού Wang Jing Jen, μεταβάλλεται η λαθεμένη αντίληψη για την ανθρώπινη ανατομία, που επικρατούσε ως τότε. Το 1822, ο Βελονισμός και η Μοξοθεραπεία εκδιώκονται από την Αυτοκρατορική Ιατρική Ακαδημία, ως μη κατάλληλες για να εφαρμοσθούν στον Αυτοκράτορα. Στην περίοδο αυτή, μεγάλος αριθμός ιατρικών αποστολών από την Ευρώπη, αφίχθηκε στην Κίνα, με σκοπό να διδάξουν, να θεραπεύσουν και να κυρήξουν το Χριστιανικό Λόγο. Το κύριο πλεονέκτημα των αποστολών αυτών ήταν η γνώση και η διάδοση βασικών χειρουργικών τεχνικών, αφού η Κομφουκική ηθική είχε αναστείλει τελείως την πρόοδο της χειρουργικής στην Κίνα.
Από το 1840 μέχρι την ανάληψη της εξουσίας από τους Κομμουνιστές, ο Βελονισμός και η Μοξοθεραπεία υφίστανται δίωξη. Οι Βελονιστές της περιόδου εκείνης είχαν ελλιπέστατη εκπαίδευση και χρησιμοποιούσαν υλικά χαμηλής ποιότητας. Οι "αξιοσέβαστοι" ιατροί της Παραδοσιακής Κινέζικης Ιατρικής, προτιμούσαν να θεραπεύουν με βότανα και μασάζ, παρά να εφαρμόζουν τον Βελονισμό και τη Μοξοθεραπεία. Εντούτοις, ο βελονισμός παρέμεινε η Ιατρική των μαζών. Οι "προοδευτικοί ιατροί" είχαν ξεκόψει κάθε επαφή με την παράδοση και στρέφονταν στις Ιατρικές Σχολές και στα περίπου 550 νοσοκομεία που δημιούργησαν οι Ευρωπαϊκές αποστολές. Το 1929 απαγορεύεται επίσημα η άσκηση του Βελονισμού σε όλη την επικράτεια της Κίνας.
Το 1928 ιδρύεται το Κομμουνιστικό κόμμα. Εμφύλιες συρράξεις ξεσπούν σε όλη τη χώρα, που καταλήγουν το 1949 στην εκδίωξη του Αυτοκράτορα και την εγκαθίδρυση του Κομμουνισμού, με ηγέτη τον Μάο. Οι κομμουνιστές συνειδητοποίησαν ότι δεν υπήρχε η δυνατότητα άσκησης της "μοντέρνας" ιατρικής στις απελευθερωμένες περιοχές και έτσι προώθησαν την Παραδοσιακή Κινέζικη Ιατρική, προκειμένου να διατηρούν τα στρατεύματά τους ετοιμοπόλεμα. Η ιατρική αυτή ήταν φθηνή, αποδεκτή από τους απλούς ανθρώπους και χρησιμοποιούσε ως πρώτες ύλες υλικά, που ήταν διαθέσιμα στην Κινεζική περιφέρεια. Μια νέα γενιά θεραπευτών γεννήθηκε, οι "ξυπόλυτοι γιατροί", που περιφέρονταν αδιάκοπα στην επαρχία και εφάρμοζαν τις μεθόδους της Παραδοσιακής Κινέζικης Ιατρικής. Με την πάροδο του χρόνου ο Βελονισμός εισάγεται ως κλάδος στις Ιατρικές Σχολές, τόσο τα κεντρικά όσο και τα επαρχιακά νοσοκομεία παρέχουν υπηρεσίες βελονισμού, ενώ το 1949, δημιουργείται υπό την αιγίδα του Υπουργείου Υγείας η Ακαδημία Παραδοσιακής Ιατρικής. Στα μέσα της δεκαετίας του 1950, αρχίζει επίσημα η βασική έρευνα στο Βελονισμό, με τους όρους και τις προϋποθέσεις που θέτει η "Δυτική" Ιατρική Επιστήμη. Αρχίζει η προσπάθεια σύζευξης της παράδοσης, με την σύγχρονη γνώση.